「基準の選択」画面にて、同じ年度で「デジタル写真館情報基準」と「工事完成図書の電子納品要領」がありますが、違いがわかりません。選択する基準によって、何か違いがありますか？

電子納品の対象によって、選択する基準を変更してください。
写真以外に図面や書類も提出する場合は「デジタル写真管理情報基準」を選択します。
写真のみの場合は「工事完成図書の電子納品要領」を選択します。

選択する基準によって電子納品ボタンをクリックした際に出来上がる成果品が変わります。

「デジタル写真管理情報基準」を選んだ場合

写真以外の図面なども電子納品で提出する場合は、こちらの基準を選択してください。
写真のみの電子納品の場合にこちらの基準を選択していても、問題はありません。
こちらの基準は電子納品の成果品としてはデータが不足した状態です。土木BOOKの画面上部にある[工事情報]ボタンをクリックして表示する画面で工事情報を入力することで、提出用の電子納品成果品を作成することができます。

「工事完成図書の電子納品要領」を選んだ場合

写真のみ電子納品で提出する場合は、こちらの基準を選択してください。
デジタル写真館で作成したインデックスが複数ある場合は「デジタル写真館情報基準」を選択し、インデックス数分の写真電子納品データを作成後、土木BOOKの画面上部にある[電子納品]ボタンをクリックし、写真電子納品データを1つにまとめて下さい。

デジタル写真館で写真整理を行い、「ファイル」メニューから「工事情報」を選択して表示する画面で工事情報を入力することで、提出用の電子納品成果品を作成することができます。